یکی از اعمالی که سید بن طاووس به آن بسیار اهمیت می‌داد، صدقه برای حفظ وجود مقدس امام زمان ارواحنا فداه بوده است، چون یکی از تکالیف زمان غیبت صدقه دادن است، بنابراین به آنچه میسر است، برای حفظ وجود مبارک امام زمان(عج) صدقه باید داد، به طوری که سیدبن‌طاووس، به فرزند خود سفارش می‌کرد که «ابتدا به صدقه دادن برای آن حضرت اقدام کن، قبل از اینکه برای خود و عزیزانت صدقه بدهی».

همچنین این عالم وارسته در کتاب «امان الاخطار» در ضمن دعایی که برای صدقه دادن در وقت سفر ذکر می‌کند، می‌نویسد: «اللهم ان هذه لک و منک وهی صدقة عن مولانا م ح م د، عجل الله فرجه وصل علیه بین اسفاره وحرکاته وسکناته فی ساعات لیله ونهاره وصدقه عما یعنیه امره ومالا یعنیه وما یضمنه وما یخلفه»؛

خدایا! این (صدقه) از آن تو و برای توست و صدقه‌ای برای سلامتی مولایمان م ح م د، عجل الله تعالی فرجه الشریف است و بر او درود بفرست آن هنگام که در سفر است و در تمام حرکت‌ها و استراحت‌هایش، در تمامی اوقات شب و روزش و صدقه‌ای است برای هر چه که متعلق به اوست».