به همان اندازه که پنهان زيستي حضرت مهدي(ع) در اين دوران به کمال مي‏رسد و نيابت و سفارت همانند دوران غيبت صغرا وجود ندارد، محل زندگي آن حضرت نيز نامشخص‏تر مي‏شود و در اين دوران است که هرگز به‏طور قطع نمي‏توان مشخص نمود آن حضرت در کجا زندگي مي‏کند.البته روايات در اين باره به محل‌هاي مختلفي اشاره کرده‏اند که برخي از آنها از اين قرارند:

الف) مدينه طيبه

همان‏طور که قبلاً نيز اشاره شد برخي از روايات به صورت عام و بدون قيد زمان غيبت صغرا، مدينه را به عنوان جايگاه آن حضرت در دوران غيبت مورد اشاره قرار داده‏اند.

ب) ناحيه ذي‏طوي

ناحيه ذي‏طوي در يک فرسخي مکه و داخل حرم قرار دارد و از آنجا خانه‏هاي مکه ديده مي‏شود. برخي از روايات آن محل را به عنوان جايگاه حضرت مهدي(ع) در دوران غيبت معين کرده‏اند.
امام باقر(ع) در اين باره فرمود:
صاحب اين امر را در برخي از اين درّه‏ها غيبتي است و با دست خود به ناحيه ذي‏طوي ـ که نام کوهي است در اطراف مکه ـ اشاره نمود.
در برخي ديگر از روايات نيز ذکر شده که حضرت مهدي(ع) قبل از ظهور در «ذي‏طوي» به سر مي‏برد و آن‏گاه که اراده الهي بر ظهور آن حضرت تعلق گيرد از آنجا وارد مسجدالحرام مي‏شود.
امام باقر(ع) در اين باره فرموده‏اند:
قائم(ع) در ميان گروهي به شمار اهل بدر ـ سيصد و سيزده تن ـ از گردنه ذي‏طوي پايين مي‏آيند تا آنکه پشت خود را به حجرالاسود تکيه مي‏دهد و پرچم پيروز را به اهتزاز درمي‏آورد.

ج) دشت‌ها و بيابان‌ها

از برخي روايات نيز استفاده مي‏شود که آن حضرت در طول غيبت کبرا محل خاصي ندارد و همواره در سفر به سر مي‏برد.
از امام باقر(ع) نقل شده است که وقتي شباهت‌هاي حضرت مهدي(ع) به انبيا را بيان نمودند چنين فرمودند:
و اما شباهت حضرت مهدي(ع) به حضرت عيسي(ع) جهانگردي (و نداشتن مکاني خاص است).
در توقيعي که از حضرت مهدي(ع) به نام شيخ مفيد صادر شده است، نيز به نامعلوم بودن مکان حضرت مهدي(ع) اشاره شده است.
در آن نوشته چنين آمده است:
… با اينکه ما براساس فرمان خداوند و صلاح واقعي ما و شيعيان مؤمن‏مان تا زماني که حکومت در دنيا در اختيار ستمگران است در نقطه‏اي دور و پنهان از ديده‏ها به‏سر مي‏بريم… .
همچنين در پاره‏اي از ملاقات‌هاي معتبر که در دوران غيبت کبرا نقل شده است، حضرت به اين نکته اشاره فرموده‏اند.
«علي بن ابراهيم بن مهزيار» پس از نقل ملاقات خود با حضرت مهدي(ع) به نقل از ايشان چنين مي‏گويد: آن حضرت فرمود:
همانا پدرم ابو محمد با من عهد فرمودند که در مجاورت قومي که خداوند بر آنان غضب کرده است قرار نگيرم… و به من فرمود که در کوه‌ها ساکن نشوم مگر قسمت‌هاي سخت و پنهان آن و در شهرها ساکن نشوم مگر شهرهاي متروکه و بي‏آب و علف.
اين نامعلوم بودن محل زندگي آن حضرت در دوران غيبت کبرا سبب شده تا عده‏اي به گمانه‏زني‏هايي بعضاً سست و واهي بپردازند و به طرح محل‌هايي که اثبات آنها کاري بس مشکل است روي آورند.
افسانه جزيره خضرا يا مثلث برمودا و مانند آن حکايت‌هايي است که در تاريخ پر فراز و فرود اين اعتقاد رخ نموده است.